Los Ríos es el antiguo hogar de culturas aborígenes como los Babahoyos, Babas, Palenques, Mocaches, Quilches y Pimochas. Existen vestigios arqueológicos de las culturas y casa Tejar-Daule, Milagro-Quevedo y Valdivia. La cultura Chorrera se extendió por las actuales provincias de Los Ríos, Guayas, Manabí y que habría llegado por el callejón interandino hasta Cañar y Azuay.

Se supone que duró desde 2300 hasta 1500 años a. C. Esta cultura presenta un perfeccionamiento del sistema agrario, si bien carece de suficiente información científica para caracterizarlo. Era un pueblo sedentario con una cultura agraria evolucionada. Con ella el arte cerámico alcanzó un apogeo estilístico, ornamental y funcional a través de bellas representaciones policerámicas, humanas, zoomorfas y de frutas agrícolas que muestran la variada y eficiente economía de que gozaron sus pobladores y una intima relación entre el hombre y la naturaleza; la calidad mencionado estuvo unida a la maestría en la técnica del modelo de vasos de botellas y de figurillas huecas, así como en el uso de pinturas iridiscentes.

En la ejecución de estas labores presentan una innovación adicional la de haber abandonado el campo del mito, de la magia, del culto para asumir la vida cotidiana como motivo de su arte.

Época colonial y republicana

Babahoyo fue levantada en épocas muy remotas por los legendarios indios babahuyus, integrantes de la confederación Huancavilca, quienes en 1535 ofrecieron tenaz resistencia a los conquistadores españoles. Pacificada la región, en 1596 fue organizada como Tenencia, dependiente del Corregimiento de Guayaquil. Se cree que el año de 1796 el capitán Carlos de Betember y Platzaen, adquirió sus territorios con dinero de sus peculios, e inició el levantamiento de una ciudad a la que llamaron “Santa Rita”; pero ha podido comprobarse documentalmente que esto no es así, ya que la población de Santa Rita de Babahoyo es mucho más antigua.

Originalmente ocupó la margen derecha del río Babahoyo, y en épocas de la colonia se convirtió en un importante centro de tráfico comercial entre las poblaciones de la Costa y de la Sierra. Por mucho tiempo se llamó Bodegas, por haber estado allí ubicadas la Aduana y los Almacenes Reales, para el control del comercio entre Guayaquil y las ciudades de la Sierra ecuatoriana.

Una vez que se consiguió la independencia de Guayaquil, la noticia recorrió casi todo el litoral y gran parte de la sierra. Por esto, el amor por la libertad se acrecentó y poco a poco los pueblos enfervorizados proclamaron su rompimiento de las cadenas hispanas. Bodegas de Babahoyo sería uno de los primeros, pues apenas a dos días del pronunciamiento de Guayaquil, este haría pública también su declaración de libertad suscrita por sus hijos. Babahoyo ha sido en la historia ecuatoriana una ciudad distinguida por hijos heroicos y trabajadores quienes no se han querido descargar golpes mortales a su tierra sea en incendios, inundaciones y sequías.

El 11 de octubre de 1820, Babahoyo proclama su emancipación política y pasa a constituirse en la principal ciudad de organización de las fuerzas libertadoras a la patria. En la histórica Hacienda Elvira ocurren durante el 3 y 10 de mayo de 1845 los combates de las tropas marcistas contra las del presidente Juan José Flores. Y en la Hacienda Virginia, son firmados el 17 de junio del mismo año, los convenios de paz, que ponen término a la dominación Floreana en el país.

Después de la formación de la república, ciudadanos patriotas de esta región apoyaron a las tropas que combatieron contra el general Antonio Franco, aliado del presidente Ramón Castilla del Perú. En premio a ese valor, Gabriel García Moreno ordenó la creación de la provincia de Los Ríos, el 6 de octubre de 1860.